Für MUBIKIN hatten sich die Stadt Nürnberg mit der Musikschule Nürnberg, die Stiftung Persönlichkeit, die Bouhon Stiftung und die Hochschule für Musik Nürnberg zusammengeschlossen. Die Geschäftsführung lag beim Amt für Kultur und Freizeit der Stadt Nürnberg, bei dem eine Regiestelle für das Programm eingerichtet wurde. Die Umsetzung von MUBIKIN in den Schulen erfolgte in Zusammenarbeit mit dem Staatlichen Schulamt in der Stadt Nürnberg.
Die Begleitung von MUBIKIN erfolgte durch eine Trägerversammlung, der Vertreterinnen und Vertreter der beteiligten städtischen Dienststellen und der Kooperationspartner angehörten. Von der Trägerversammlung einberufene Expertengruppen diskutierten fachliche Aspekte und legten Anträge zur Beschlussfassung vor. Die Steuerung des Projekts bzw. des laufenden Geschäfts oblag der Regiestelle, die beim Amt für Kultur und Freizeit der Stadt Nürnberg angesiedelt war.
Trägerversammlung